Στη θέση Λενικά έχουν εντοπιστεί οικοδομικά λείψανα σπιτιών και τάφοι που χρονολογούνται στην Υστερομινωική ΙΙΙ και Πρωτογεωμετρική περίοδο (1400-900π.Χ.). Πρόκειται για κυρηγμένο αρχαιολογικό χώρο (ΦΕΚ 699/Β/26.5.1976 (4) - ΥΠΠΟ/ΑΡΧ/Α/Φ31/24456/1834 π.έ.).

Στη θέση Ασπροπηλιά, δίπλα και κάτω ακριβώς από το ναό της Ανάληψης, ο αρχαιολόγος Νικόλαος Πλάτων τη δεκαετία του 1960 ανέσκαψε ένα προϊστορικό νεκροταφείο αποτελούμενο από δώδεκα θαλαμοειδείς τάφους, σκαμμένους στο βράχο. Οι δύο από αυτούς ήταν εντελώς κατεστραμμένοι, ενώ κάποιοι βρέθηκαν άθικτοι. Οι τάφοι περιείχαν πήλινες σαρκοφάγους, σιδερένια όπλα, εργαλεία καθώς και πολλών ειδών και σχημάτων χρηστικά και τελετουργικά σκεύη. Το σύνολο των ευρημάτων χρονολογούνται από την Υστερομινωική ΙΙΙ έως και την Πρωτογεωμετρική περίοδο (1400-900π.Χ.).

Η αρχαιολόγος Αθανασία Κάντα το 1980 μελέτησε τα ευρήματα της ανασκαφής και ανέλυσε την κεραμική που συνίσταται σε κανάτες, κύπελα, ρυτά, αμφορείς, κρατήρες, καλάθους κ.α., ενώ αναφέρει σαν αξιόλογο μεμονωμένο εύρημα ένα γυναικείο ειδώλιο με κωδωνόσχημη φούστα και υψωμένα χέρια που εκτίθεται με πλήθος άλλων ευρημάτων της Ασπροπηλιάς στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Αγίου Νικολάου.

Στη θέση Γαλανά Χαράκια, ακριβώς δίπλα στο δρόμο Μυρσίνη-Λιναρές, γύρω στο 1960, ο αρχαιολόγος Νικόλαος Πλάτων, με τη βοήθεια των τελειόφοιτων τότε φοιτητών Γιάννη Σακελλαράκη και Έφη Σαπουνά, ανέσκαψε ένα κυκλικό θολωτό τάφο της τελευταίας προανακτορικής φάσης του μινωικού πολιτισμού (2300-1900π.Χ.).

Ο θολωτός τάφος είχε εσωτερική διάμετρο 4.70 μέτρα και τα τοιχώματά του πάχος 1.20 μέτρα. Αν και τμήμα της βόρειας πλευράς του είχε καταστραφεί, η υπόλοιπη κατασκευή σωζοταν τότε σε ικανό ύψος ώστε να διακρίνεται η εκφορά των λίθων που σχημάτιζε το θόλο. Το κυκλικό κτίσμα είχε είσοδο στα βορειοανατολικά, της οποίας σωζόνταν μία παραστάδα.

Ο τάφος περιείχε περισσότερες από εξήντα ταφές. Οι νεκροί ήταν τοποθετημένοι σε ταφικά πιθάρια, σαρκοφάγους, σε αβαθείς λάκκους ή και απλώς στα δάπεδο του τύμβου. Οι περισσότεροι συνοδεύονταν από κάποια πήλινα ή λίθινα αντικείμενα. Κατά την ανασκαφή συλλέχθηκαν συνολικά εικοσιπέντε λάρνακες και πίθοι, καθώς και αγγεία της Πρωτομινωικής ΙΙΙ και Μεσομινωική Ι περιόδου (2300-1900π.Χ.) όπως πρόχοι (κανάτες), λεκάνες, κύπελα κ.α.

Ήταν ο πρώτος τάφος αυτού του τύπου στην Ανατολική Κρήτη, ο οποίος απαντά κυρίως στη Μεσσαρά, στη νότια κεντρική Κρήτη. Σήμερα στο χώρο διακρίνεται τμήμα της κυκλικής κατασκευής με χαμηλό σχετικά σωζόμενο ύψος.

Στη θέση Χαλινομούρι, που πρόκειται για φυσικά οχυρωμένη τοποθεσία δίπλα στη θάλασσα, έχουν εντοπιστεί ένα αγροτόσπιτο και συστάδα τάφων της Υστερομινωικής εποχής (1600-1100π.Χ.). Οι τάφοι αποκαλύφθηκαν σε σύντομη ανασκαφή τη δεκαετία του 1940 και από το εσωτερικό τους συλλέχθηκαν αγγεία και όπλα. Η αγροτική εγκατάσταση ανασκάφτηκε συστηματικά τη δεκαετία του 1990. Πρόκειται για μια οικία έξι δωματίων όπου εκτός των άλλων γινόταν αποθήκευση αγροτικών προϊόντων σε μεγάλα πιθάρια.

Στη θέση Παλιά Βάρδια, κοντά στον πύργο και το ναό του Αγίου Αντωνίου, ο αρχαιολόγος Νικόλαος Πλάτων τη δεκαετία του 1950 εντόπισε οικοδόμημα της μινωικής εποχής διαστάσεων 9 x 14μ. το οποίο μέχρι σήμερα παραμένει αδιερεύνητο.

Στη θέση Αντράς ο αρχαιολόγος Νικόλαος Πλάτων τη δεκαετία του 1950 εντόπισε οικοδόμημα της ρωμαϊκής εποχής.